هیأت امنا عالی­‌ترین رکن دانشگاه می‌­باشد که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت­‌های امنای دانشگاه‌­ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 1367/12/09 شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه­‌ها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی مصوب مورخ 1369/10/18 مجلس شورای اسلامی) و سیاست­‌ها و موضوعات راهبردی در هیات‌­های امنای دانشگاه­‌ها و مؤسسات آموزش عالی  و پژوهشی ابلاغی مرکز هیأت­‌های امنا و هیأت­‌های ممیزه در دی ماه 1397 تعیین شده است.

برخی از وظایف و اختیارات هیأت امنای دانشگاه:

• تصویب آیین‌نامه­‌های داخلی.
• بررسی و تصویب بودجه دانشگاه‌­های عضو.
• تصویب بودجه تفصیلی سالیانه دانشگاه‌­های عضو.
• تصویب حساب‌ها و ترازنامه سالیانه دانشگاه‌­های عضو.
• تعیین نحوه نگهداری اموال و بررسی چگونگی نظارت و تمرکز حساب‌های اموال منقول و غیرمنقول دانشگاه.
• تصویب سازمان اداری و تشکیلاتی دانشگاه بر اساس ضوابط مربوط.
• تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و نحوه مصرف آن.
• تعیین حسابرس برای دانشگاه. 
• تصویب آیین‌نامه‌های مالی و معاملاتی که حسب مورد پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجراست.
• پیشنهاد میزان فوق‌العاده‌­های اعضای هیأت علمی و غیرهیأت علمی که پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و سازمان برنامه و بودجه قابلیت اجرایی دارد.
• بررسی گزارش سالیانه مشروح دانشگاه­‌های عضو هیأت امنا که از طرف ریاست دانشگاه مربوطه ارائه می‌­گردد.
• تصویب مقررات استخدامی اعضای هیأت علمی و غیر هیأت علمی دانشگاه که پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قابلیت اجرایی می‌­یابد.