دبیرخانه هیأت امنای دانشگاه قم نقش مهمی در هماهنگی دانشگاه با اعضای هیات امنا و مرکز هیات امنای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دارد همچنین این دبیرخانه وظایف متعددی را بر عهده دارد که شامل موارد زیر می‌شود:
1. برنامه‌ریزی و هماهنگی جلسات: این دبیرخانه مسئول جمع‌آوری دستور جلسات، مستندات، برنامه‌ریزی و برگزاری جلسات کمیسیون و جلسات هیأت امنا با هماهنگی مرکز هیات امنای وزارت علوم است.
2. همکاری با دیگر واحدهای دانشگاه: این دبیرخانه با معاونت‌ها و واحدهای تخصصی دانشگاه برای تهیه پیش نویس دستور جلسات و مستندات لازم، همکاری می‌کند.
3. هماهنگی و ارتباط با سایر دانشگاه های عضو هیات امنا برای دریافت نامه ها و دستورجلسات و مستندات مربوط به آنها برای طرح در جلسات کمیسیون یا هیات امنا.
4. پیگیری مصوبات: وظیفه پیگیری مصوبات هیات امنا از مرکز هیات امنای وزارت علوم و تهیه پیش نویس های ابلاغ صورتجلسات و پیگیری دریافت صورتجلسات توسط بخش های مربوطه بعهده این دبیرخانه است.
5. مستندسازی و طبقه‌بندی اطلاعات: این دبیرخانه مسئول مستندسازی و طبقه‌بندی اطلاعات و صورتجلسات و آیین نامه های مرتبط با امور هیات امنا است.
